Siç parashikojnë dispozitat kalimtare dhe përfundimtare, aktet nënligjore të parapara me këtë Kod do të miratohen brenda një (1) viti nga data e hyrjes në fuqi të tij. Deri në miratimin e këtyre akteve nënligjore, do të vazhdojnë të zbatohen aktet nënligjore ekzistuese, për aq kohë sa ato nuk janë në kundërshtim me dispozitat e Kodit të ri. Me hyrjen në fuqi të Kodit të ri, do të shfuqizohen:

• Kodi nr. 03/L-109 Doganor dhe i Akcizave në Kosovë;
• Ligji nr. 04/L-099 për ndryshimin dhe plotësimin e Kodit nr. 03/L-109 Doganor dhe i Akcizave në Kosovë;
• Çdo dispozitë tjetër që është në kundërshtim me dispozitat e Kodit të ri.

Ky ndryshim i rëndësishëm synon të modernizojë dhe përmirësojë sistemin doganor dhe të akcizave në Kosovë, duke ofruar një kornizë më të qartë dhe më të efektshme. Kodi i ri është hartuar për të përmbushur standardet ndërkombëtare dhe për të lehtësuar tregtinë, duke e bërë më të thjeshtë dhe më efikas procesin e doganimit për bizneset dhe individët.

• Siguron një kornizë gjithëpërfshirëse për rregullat dhe procedurat doganore në territorin doganor të Republikës se Kosovës, duke përshtatur zhvillimet e fundit në fushën e tregtisë dhe mjetet moderne të komunikimit, duke siguruar sistem plotësisht të automatizuar.
• Operatorët ekonomik përfitojnë plotësisht nga teknologjia e informacionit, e cila do të mundësojë reduktimin e barrës dhe shpenzimeve dhe do të përmirësojë efektivitetin e kontrolleve doganore (krijimin e balancit ne mes kontrolleve dhe lehtësirave tregtare).
• Janë përcaktuar kushtet dhe procedura me të cilën autorizohen agjentet doganor, provimi profesional dhe licencimi i agjentëve doganor organizohet nga Dogana.
• Janë përcaktuar në mënyre strikte afatet ligjore për nxjerrën e vendimeve nga Dogana, çka i mundëson subjekteve siguri juridike.
• Përforcon procedurat më të shpejta për operatorët ekonomik të autorizuar (AEO) me mundësi të njohjes reciproke ndërkombëtare të autorizimeve sipas parimit të proporcionalitetit.
• Autorizimi për përdorimin e një garancioni gjithëpërfshirës për të gjitha procedurat doganore.
• Ndryshime për rregullat për strehimin e përkohshëm, duke përfshirë edhe zgjatjen e periudhës së strehimit nga 20 ditë deri në 90 ditë.
• Obligimi për depozitimin e deklaratës përmbledhës për mallrat që sjellën apo dalin nga  territori doganor i RKS-së.
• Zhdoganimi i mallrave me autorizim të DK-së në ambientet e importuesit dhe thjeshtësimet tjera për operatoret ekonomik si zhdoganimi qëndror, evidentimi në regjistrat e deklaruesit dhe vetëvlerësimi.
• Procedurat e posaçme (PP ish PMNE) kanë pësuar ndryshime;
• tek magazinat doganore kemi vetëm dy lloje (publike dhe private),
• është hequr procedura nën kontroll doganor PKD, tani pjesë e PB mallrat në përpunim të brendshëm (PB), me rastin e lëshimit të mallit në qarkullim të lirë të lëndës së parë ose produktit kompensues nuk aplikohet kamata kompensuese.
• Me ligjin e akcizës përcaktohen obliguesit akcizor, lindja e obligimit të llogaritjes dhe pagesës së akcizës, në mënyre të detajuar, rregullat për autorizimin dhe shfuqizimin për magazinat akcizore, shtyrjen e pagesës, rregullat për përdoruesin e liruar i cili produktet akcizore i përdor në procesin e prodhimit me qëllim të prodhimit të një produkti jo akcizor dhe përdoruesit për shfrytëzim të burimeve të energjisë (energjentet).
• Akciza për produktet e duhanit të vendosur në magazinë doganore apo magazinën akcizore duhet të paguhet më së largu deri 120 ditë nga realizimi i importit.
• Me ligjin për kundërvajtje janë përcaktuar qartë një listë të veprimeve apo mos veprimeve që përbëjnë shkelje të rregullave doganore, lartësia e dënimeve ku për shkelje të sanksionuara duke marrë në konsideratë mënyra e kryerjes dhe shkeljet kategorizohen nisur nga fakti se a ka pasur qëllim apo neglizhencë. Secila shkelje e sanksionuar është e ndërlidhur me nenet përkatëse te ligjit material çka siguron trajtim ligjor dhe siguri juridike me rastin e marrjes së vendimeve.
• Janë zgjeruar kompetencat e oficerëve doganor në pajtim me praktikat e doganave të BE-së me qëllim të evitimit të vakumit ligjor dhe luftimit të evazionit fiskal, verifikimeve të transfereve bankare, mbledhjes se detyrueshme dhe ushtrimit të kontrolleve në territorin doganor të Republikës së Kosovës.
• Për mallrat e  importuara nga udhëtaret, është vendosur pragu i ri vlerës nga deri 175 € në deri në 300 € për rruge tokësore dhe 430 € në rrugë ajrore.

Te gjitha aktet nënligjore të paraparë Kodin e ri miratohen në periudhë prej një (1) viti nga hyrja në fuqi e këtij Kodi dhe deri në miratimin e akteve nënligjore të parapara me këtë Kod, zbatohen aktet nënligjore që janë në fuqi, me kusht që nuk janë në kundërshtim me dispozitat e Kodit ri Doganor.